財政部臺北國稅局表示，營利事業承包工程時，不得因以工程尾款抵付出包人依工程合約對承包人所為之罰款，而免除開立發票與報繳稅款之義務，未依時限開立者，應依法處罰。
該局說明，包作業承包工程，應依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，依工程合約所載每期應收價款時開立統一發票報繳營業稅，出包人依工程合約對承包人所為之罰款，與應依限開立發票係屬二事，並不影響承包人應依上述規定開立發票及報繳營業稅之時限，亦不得因以工程尾款抵付罰款而免除開立發票與報繳稅款之義務。
該局指出，甲公司於94年度承包乙公司新建工程，復於97年以多項工程未列入工程預算，雙方再洽談工程追加事宜，並協議因工程成本增加金額2億餘元與違約罰金1億9千萬餘元約當，故不追加減工程金額，雙方亦未開立及取得發票，是甲、乙公司分別涉有「未依規定給與憑證暨漏報收入」及「未依規定取得憑證」情事，甲公司除核定補徵營業稅額9百餘萬元外，另依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第3款及稅捐稽徵法第44條規定擇一從重後，處罰鍰1千4百餘萬元，乙公司亦依稅捐稽徵法第44條規定處罰鍰1百萬元。
該局呼籲，營利事業承包工程時，如以工程尾款抵付出包人依工程合約對承包人所為之罰款，不得因此而免除開立發票與報繳稅款之義務，仍應依時限開立，依法報繳，以免遭補稅及處罰。